Meta PHoDcast 134: Nace Kranjc, bioinformatik

Z Nacetom Kranjcem o bioinformatiki in iskanju primernih genskih tarč, ki bi onemogočile rast populacij komarjev.

#MetaPHoDcast

Subscribe to
Meta PHoDcast

Or subscribe with your favorite app by using the address below

Nace Kranjc to jesen končuje doktorski študij na londonskem Imperialnem kolidžu, na njegovem Oddelku za naravoslovje. Po primarni izobrazbi je biotehnolog in molekularni biolog, a ga je navdušenost nad programiranjem, ki se je začela že v gimnazijskih letih, vodila v svet bioinformatike.

Pretekla štiri leta je s pomočjo računalniških orodij raziskoval genome komarjev in iskal primerne tarče, ki bi jih bilo mogoče uporabiti v procesu, imenovanem gene drive.

To je naravni proces ali tehnološko voden proces z genetskim inženiringom, ki spodbuja višjo pojavnost določenega genetskega elementa ali spremenjenega gena v neki populaciji, tako da se s tem poveča verjetnost prenosa genetske spremembe na vse potomce ali potomke. 

V raziskovalni skupini, katere član je, raziskujejo, kako ustvariti transgene komarje oziroma samice komarjev, ki bi postale neplodne. S tem bi lahko zavrli oziroma povsem omejili rast populacij določenih vrst komarjev. 

Omejitev rasti populacije komarjev bi bila zelo dobrodošla za območja z visoko pojavnostjo malarije. To bolezen povzroča parazit plazmodij, ki v podsaharski Afriki vsako leto še vedno povzroča več kot pol milijona smrti.

Zamisel raziskovalne skupine, v kateri deluje Nace, je da bi rast populacij komarjev zaustavili s transgenimi komarji, ki se ne bi uspešno razmnoževali. Nace je v sklopu doktorata opredelil nekaj možnih tarč, ki jih sedaj preverjajo v eksperimentih z vedno večjimi skupinami komarjev v insektarnicah. A poskusi še niso tako daleč, da bi lahko med nami letali transgeni komarji. Morda pa bodo takšni nekoč vendarle blažili posledice malarije – poleg nedavno potrjenega cepiva.

Nace bi se še enkrat odločil za doktorski študij, njegova pričakovanja v zvezi s tem se niso spremenila. Bi se pa v drugo tega lotil bolj umirjeno.

Nace nima nasveta, kako bolje urejati svoj čas, a pravi, da sta mu ogromno časa prihranila program za shranjevanje literature in citiranje Zotero in aplikacija za vodenje seznama opravil Workflowy. Ob njegovem delu pa sta nepogrešljiva tudi beležka in nalivnik.

Ob pisanju doktorske disertacije je večkrat preposlušal album Bramer/McCoy Utopia, v zadnjem času je prebral knjigo Sramota J. M. Coetzee in knjigo Beautiful World, Where are You Sally Roonney. Nace posluša tudi podkaste, najbolj pogosto prisluhne BBC-jevemu The Life Scientific ter Guardianovima Today in Focus in Talking Politics

Na večerjo bi šel s kuharjem, piscem in jedcem Antoniem Bourdainem, na kari (curry) na neki živahni ulici mesta Mumbaj.

_____________

Meta PHoDcast so pogovori z mladimi raziskovalci in raziskovalkami o življenju, vesolju in sploh vsem. Gostitelji in gostje smo znanstveniki in znanstvenice z različnih področij znanosti. Večinoma gre za doktorske študente in študentke pred zaključkom doktorata, občasno pa so naši sogovornik tudi podoktorski raziskovalci in raziskovalke v tujini.
0 replies on “Meta PHoDcast 134: Nace Kranjc, bioinformatik”