Meta PHoDcast 136: Nika Žibrat, biokemičarka in strukturna biologinja

Z Niko Žibrat o raziskovanju proteinov NLP, ki jih izločajo bakterije, glive in oomicete ter na rastlinah lahko povzročijo veliko škodo.

#MetaPHoDcast

Subscribe to
Meta PHoDcast

Or subscribe with your favorite app by using the address below

 

Nika Žibrat je študentka tretjega letnika doktorskega študija Bioznanosti s področja biotehnologije na Biotehniški fakulteti Univerze v Ljubljani, raziskovalno delo pa opravlja na Odseku za molekularno biologijo in nanobiotehnologijo na Kemijskem inštitutu.

NLP proteini poškodujejo rastlinske celične membrane, o njih pa je zelo malo znanega. V skupini, v kateri sodeluje Nika, skušajo ugotoviti, ali imajo različni proteini NLP skupni mehanizem povzročanja poškodb rastlinske membrane in kakšen je ta mehanizem na molekularni ravni.

Da bi odgovorila na vprašanja, mora Nika najprej določiti strukturo proteina, a kot opisuje v podkastu, to pogosto ni tako enostavno. Šele ko bo prejela podatke o strukturi proteina, bo lahko celovito sklepala na funkcionalnost proteina in odgovorila na vprašanja, kako ti proteini povzročijo poškodbe rastlinskih membran, kako se vežejo na membrane in podobno.

Poleg določanja strukture določenega proteina NLP, pa Nika tudi z različnimi eksperimenti raziskuje toksičnost proteinov NLP. To preverja z uporabo modelov rastlin, in sicer tobaka, pa tudi z modelnimi membranami, s katerimi poskušajo imitirati membrane rastlinske celice. A kot nadalje pripoveduje v pogovoru, zaradi unikatnih materialov, ki so za te poskuse potrebni, to pogosto ni preprosto. Nika na moja vprašanja večkrat odgovarja, da “še ne vemo”. Raziskovanje proteinov NLP je na skrajnih mejah raziskovanja na področju strukturne biologije in biokemije.

Nika opisuje tudi tragikomično prigodo, ki se je zgodila na dan razgovora za svoje mesto na doktoratu. Neprijetna anekdota se na koncu izkaže kot zgodba s srečnim koncem.

Dober nasvet je zagotovo, da je dobro, če nimamo pričakovanj, kako bo videti doktorski študij. Vsak ima namreč drugačno izkušnjo doktorskega študija.

Nika spomni, da je pomembno sprotno vodenje organiziranega laboratorijskega dnevnika, vodenje zapiskov in sprotno urejanje rezultatov, ko so informacije še sveže. Da sledi vsej literaturi, tako kot že mnogi gosti in gostje v Meta PHoDcastu, predlaga program Mendeley.

Nika v branje za odklop možganov in za romantične duše predlaga The seventh husbands of Evelyn Hugo, avtorice Taylor Jenkins Reid, njen najljubši film je Interstellar, pri katerem ob vsakem ogledu odkrije nek nov pogled, v poslušanje pa podcast The Rich Roll, ki pokriva aktualne teme, tako znanstvene kot družbene.

Na večerjo bi šla s svojim pokojnim stricem, glasbenikom z zelo bogatimi življenjskimi izkušnjami, saj bi z njem želela predebatirati marsikatero filozofijo, ali pa z Johnom McAvoyem, nekdanjim zapornikom iz Združenega kraljestva, ki se je preobrazil v profesionalnega športnika, in ga povprašala o izvoru njegove vztrajnosti.

—————-

Meta PHoDcast so pogovori z mladimi raziskovalci in raziskovalkami o življenju, vesolju in sploh vsem.

Gostitelji in gostje smo znanstveniki in znanstvenice z različnih področij znanosti. Večinoma gre za doktorske študente in študentke pred zaključkom doktorata, občasno pa so naši sogovornik tudi podoktorski raziskovalci in raziskovalke v tujini.

0 replies on “Meta PHoDcast 136: Nika Žibrat, biokemičarka in strukturna biologinja”