Meta PHoDcast zapisi 08: Miha Milek, biokemik

Dr. Miha Milek

MIHA MILEK je diplomiral na Fakulteti za Kemijo in kemijsko tehnologijo (biokemija), doktoriral pa na Fakulteti za farmacijo Univerze v Ljubljani. Zdaj je podoktorski raziskovalec na Inštitutu Maxa Delbrücka v Berlinu, kjer se ukvarja z raziskovanjem celičnega odziva na stres.

Z najsodobnejšimi molekularnimi tehnikami preučuje interakcije med nukleinskimi kislinami (RNA, DNA) in beljakovinami, kar bo morda nekoč pripeljalo do novih diagnostičnih metod ali zdravil za nekatere bolezni pri človeku. Poudarja, da je za vrhunsko znanstveno delo še bolj kot denar pomembno stimulativno in prevetreno okolje, pa tudi zanesljiva baterija v prenosniku.

Čeprav domačih nalog že dolgo ne rešuje več (zgolj) na kalkulatorju, nam brez oklevanja v umetniško naslado ponudi risanko, dva stripa in malo elektronike. 

Dr. Miha Milek
Dr. Miha Milek

Kakšne okoliščine so te privedle na trenutno raziskovalno ustanovo?

Trenutno sem podoktorski znanstvenik na Inštitutu Maxa Delbrücka v Berlinu v Nemčiji, kjer delam v skupini “Biologija RNA”, ki jo vodi dr. Markus Landthaler. Po doktoratu, ki sem ga zaključil na Fakulteti za farmacijo Univerze v Ljubljani leta 2009, sem si močno želel izkušenj v tujini. Postdock sem si začel iskati že pred zaključkom doktorata, ampak se stvari niso izšle, saj nisem dobival nobenih pozitivnih odgovorov. Kmalu sem tudi izvedel, da bom postal oče, zato sem odhod v tujino odložil za približno dve leti. Takrat sem imel tudi nekaj več objavljenih člankov in še vedno veliko željo po delu v tujini, zato sem kmalu po doktoratu spet začel aktivno iskati.

Berlin mi je bil vedno všeč kot mesto, prej sem ga že večkrat obiskal, zato sem si želel tam najti tudi primerno službo.

Napisal sem veliko emailov, dobil par odgovorov, najbolj zanimiv pa se mi je zdel Institut Maxa Delbrücka za molekularno medicino, kamor sem tudi odšel na intervju. Moj bodoči vodja in člani laboratorija so takrat naredili zelo dober vtis name, saj se nismo pogovarjali le o znanosti, pač pa smo šli tudi skupaj na večerjo in pijačo. Inštitut je bil prav tako prijeten in razmeroma velik. In kar je najpomembneje – z veliko med seboj sodelujočimi skupinami.

Med doktoratom sem delal na precej drugem področju in nisem bil prepričan, da mi bodo ponudili mesto. Zato sem bil zelo vesel, ko sem dobil ponudbo. Zdaj, ko razmere na nemških raziskovalnih ustanovah malo bolje poznam, sem zelo zadovoljen s svojo odločitvijo, saj je inštitut rangiran kot eden najboljših v Nemčiji in Evropi, vzdušje in pogoji za delo so odlični.

 

Zakaj je tvoje raziskovalno področje zanimivo za nas?

V raziskovalni skupini se ukvarjamo z zanimivim področjem interakcij med proteini in RNA. Uporabljamo metode visoke ločljivosti, kar pomeni, da lahko v bioloških vzorcih zaznamo in kvantificiramo precej veliko število beljakovin (proteinov) in transkriptov (RNA), natančno pa tudi znamo določiti tista mesta na RNA, ki so v neposrednem kontaktu s proteini, ki jih proučujemo.

Področje biologije RNA se je v zadnjih 20 do 30 letih razcvetelo, saj odkrivamo, da je RNA makromolekula, ki še zdaleč ni le “posrednica” pri prenosu informacije med DNA in proteini, temveč ima številne druge, nekodirajoče funkcije (npr. miRNA, dolge nekodirajoče RNA). Jaz se z ekipo sodelavcev konkretno ukvarjam z odkrivanjem novih beljakovin v človeških celicah, ki se vežejo na RNA in preko te vezave uravnavajo izražanje genov med procesom celičnega odziva na stres (npr. pri poškodbah DNA, ki so značilne za nastanek in razvoj raka ali nekaterih nevrodegenerativnih bolezni). Gre za bazično raziskavo, s katero poskušamo razviti nove metode òmike (ang. omics) in s pomočjo katerih lahko odkrijemo veliko število potencialnih označevalcev, ki bodo morda nekoč uporabni tudi za diagnostiko ali preprečevanje nastanka in razvoja nekaterih človeških bolezni.

 

Kaj tvoje raziskovalno delo prispeva v skupno zakladnico znanja?

Upam in želim si, da bo moje članke kdo prebral in da bo to prispevalo k nadaljnjemu razmišljanju in mogoče celo delu na tem področju, morda s kakšnimi komplementarnimi metodami. K svojemu delu pa lahko štejem tudi mentorstvo mlajšim raziskovalcem v laboratoriju, ki sem jim, upam, pomagal in poskušal predstaviti tako dobre kot slabe plati dela v znanosti in na ta način prispeval k prenosu znanja.

 

Kateri del službe je najbolj in kateri najmanj prijeten?

Prijetnih stvari je veliko; ena najbolj stimulativnih stvari zame so konference in srečanja z drugimi znanstveniki, ki delajo na podobnih stvareh in s katerimi se lahko pogovarjaš, sprašuješ, deliš izkušnje, se srečaš po dolgih letih in navežeš stike za prihodnja poznanstva ali sodelovanje. Razburljiva se mi zdi velikokrat tudi analiza podatkov, ko končno dobiš rezultate po dolgem načrtovanju in izvedbi poskusov. Še bolj razburljivo je, če se rezultati tudi ujemajo s pričakovanji, žal pa je velikokrat tudi tako (v mojem primeru v več kot polovici primerov), da rezultati niso taki, kot bi si jih želel. Ampak tudi s tem se naučiš živeti, treba pa je imeti veliko potrpljenja. Prav v takih primerih je potem pomembno druženje in klepet z drugimi, ki so velikokrat prav v takem ali podobnem zosu, kar zelo olajša stvar. In prav druženje je tako dobro omogočeno na teh malo večjih inštitutih, kjer je več raziskovalnih skupin s precej doktorskimi študenti in podoktorandi.

Med najbolj neprijetnimi stvarmi je nedvomno, da vsakih par let nisem gotov, kje bom zaposlen in ali bom imel zadostna sredstva za nadaljnje raziskovanje.

V tujini je možnost stalne zaposlitve v raziskovanju še dosti manjša kot v Sloveniji, zato je treba vseskozi aktivno misliti na naslednji korak, kar je ob vsem ostalem delu precej težko. Včasih (ampak seveda ne vedno) sovražim tudi ponavljajoča vsakdanja opravila v laboratoriju, ki se jim ne moreš izogniti, so pa nujna za vzdrževanje in časovno učinkovito izvedbo poskusov.

 

Kako lahko primerjaš razmere za raziskovanje v Sloveniji in na instituciji, kjer trenutno gostuješ?

Razmere za raziskovanje so zame trenutno seveda mnogo boljše kot v Sloveniji, je pa res, da so tudi možnosti financiranja na takih inštitutih (naš inštitut je član Zveze Helmholz) veliko večje od zmožnosti Slovenije. Pomembna se mi zdi tudi prisotnost kritične mase ljudi, ki delajo na posameznih raziskavah, kar je na našem inštitutu zelo dobro izpolnjeno, saj se vseskozi širimo in dobivamo nove raziskovalne skupine. Prav tako je količina podobno mislečih ljudi pomembna za dialog med raziskovalci, kar sem med svojim delom v Sloveniji vedno pogrešal. Poleg tega je dobro, če ljudje prihajajo iz čimbolj različnih okolij.

Na našem inštitutu gremo lahko tedensko vsaj dvakrat do trikrat poslušati seminar, kjer so predavatelji doktorandi, postdoki, vodje laboratorijev ali priznani gostujoči znanstveniki, ki predstavljajo svoje velikokrat še ne objavljeno raziskovalno delo. Vse to se mi zdi še bolj pomembno kot denar in oprema, ki je seveda tudi nujno potrebna, ni pa zadostna za stimulativno in vrhunsko raziskovalno delo.

 

Z besedo in sliko deli z nami kakšno navdušujočo podrobnost, povezano s svojim raziskovanjem.

Pri svojih poskusih uporabljam ionizirajoče sevanje za povzročitev poškodb DNA v človeških celicah. Ko obsevam celice z ionizirajočim sevanjem, nastanejo prekinitve v obeh verigah DNA v jedru celic. Na mesto poškodbe DNA se že po nekaj minutah veže fosforilirani protein imenovan H2AX. Na spodnji mikroskopski sliki so vidna jedra celic (celična linija MCF7), obsevanih z ionizirajočim sevanjem (10 Gy), fosfo-H2AX protein je označen z zelenim barvilom, DNA pa z modrim.

S fluorescentnimi barvili označena jedrna DNA in beljakovine, ki se nanjo vežejo. (Foto: Miha Milek)
S fluorescentnimi barvili označena jedrna DNA in beljakovine, ki se nanjo vežejo. (Foto: Miha Milek)

V laboratoriju zbiramo zelo veliko količino podatkov (od 1000-100000 podatkovnih točk na vzorec), zato moramo podatke obdelati s pomočjo bioinformacijskih orodij, ki jih poganjamo na zelo zmogljivi računalniški gruči. Nihče v naši skupini na začetku ni znal osnov bioinformatike in temu primerno je izgledala tudi naša prva namizna računalniska gruča (na sliki).

Prvi superračunalnik nadobudnega bioinformatika Miha Mileka. (foto: MM)
Prvi superračunalnik nadobudnega bioinformatika Miha Mileka. (foto: MM)

Kaj bi bil, če ne bi bil znanstvenik? Kakšne so bile tvoje alternative ob vpisu na univerzo?

Če ne bi bil znanstvenik, bi se verjetno preizkusil v kakšni umetniški smeri, najverjetneje glasbi. Ker verjetno ne bi šlo, bi poskusil z računalništvom, informatiko. Alternative ob vpisu na UL pa so bile farmacija in etnologija, ampak nisem več popolnoma prepričan.

 

Če bi imel milijon evrov za poljubno raziskavo, kaj bi raziskoval?

Verjetno bi ostal pri RNA vezavnih proteinih in RNA molekulah v celici, bi pa poskušal priti na nivo oz. ločljivost detekcije posameznih molekul s tehnologijami sekvenciranja in mikroskopiranja, ki so delno že dostopne. Zelo me zanima vloga lokalizacije molekul v celici, kje natančno se določeni transkripti nahajajo in kakšen je biološki pomen te lokalizacije.

 

Kaj boš počel čez 5 let in kaj čez 40 let?

Čez 5 let upam, da bom še vedno v taki službi, ki me bo vsak dan silila v aktivno uporabo možganov, naj bo to raziskovanje ali kaj drugega. Upam, da bom imel čas za ponovno srečanje s številnimi prijatelji, s katerimi se zadnja štiri leta nisem imel priložnosti družiti.

Čez 40 let upam, da bom zadovoljen s svojo preteklostjo in da me čas ne bo povozil.

Nam lahko priporočiš kakšno knjigo/igro/film/spletno stran/podcast?

Moji izumi Nikole Tesle, Očetnjava Nine Bunjevac, Lomm Tomaža Lavriča, Song of the Sea Tomma Moora, solidsteel.net (arhiv je po mojem mnenju veliko boljši kot trenutne oddaje).

 

S čim se zamotiš in kakšne izgovore si izmišljuješ, ko zavlačuješ ali odlašaš pri stvareh, ki jih moraš narediti (članek, doktorat)?

Ponavadi moram nujno pospraviti mizo, naložiti kakšen nov program ali poiskati kakšen album, ki sem ga v zadnjih par letih pozabil poslušati, kot nalašč pa sem se ravno takrat spomnil nanj.

 

Kaj bi ti lahko v tem trenutku izboljšalo kakovost življenja?

Baterija na prenosnem računalniku se mi zelo hitro izprazni. Dobro bi bilo tudi, če bi si končno vzel čas za kakšen koncert ali gledališče.

 

————————————————-

Meta PHoDcast so pogovori z mladimi raziskovalci in raziskovalkami o življenju, vesolju in sploh vsem. Objavljamo jih vsak četrtek. Gostitelja sta dr. Luka Ausec in Ana Slavec, njuni sogovorniki v podkastu so znanstveniki in znanstvenice pred zaključkom doktorata z različnih področij znanosti, vsak drugi teden v rubriki “Meta PHoDcast zapisi” gostita slovenske doktorske študente in študentke ter podoktorske raziskovalce in raziskovalke v tujini.

————————————————-

 

Ana Slavec (foto: osebni arhiv)
Ana Slavec (foto: osebni arhiv)
Dr. Luka Ausec (foto: osebni arhiv LA)
Dr. Luka Ausec (foto: osebni arhiv LA)

Avtorja Meta PHoDcasta sta dr. LUKA AUSEC in ANA SLAVEC.

Luka je doktor bioloških znanosti, ki tekoče bere DNK, deloma pa tudi literaturo. Navdušuje ga pregibanje telesa in možgana v vse smeri, deloma tudi navznoter. Uživa v širjenju navdihujočih idej, deloma tudi v obliki čivkov.

Ana je sociologinja in doktorska študentka statistike. Rada postavlja vprašanja, tako v anketah kot tudi sogovornikom v intervjujih. Piše za blog Udomačena statistika, na Twitterju pa jo najdete kot @aslavec.

Preberite o ideji in začetnih ter vmesnih vtisih in poslušajte ostale epizode.

Več od Dr. Luka Ausec

Meta PHoDcast 18: Mitja Pišlar, farmacevt

S farmacevtom Mitjem Pišlarjem o modeliranju sproščanja učinkovine iz tablete na poti...
Beri dalje